Spillere som spiller 'EteRNA', slår bare profesjonell vitenskap til denne viktige oppdagelsen

Citizen science gikk bare neste nivå: Videospillere har laget en biologisk oppdagelse, og den er nå publisert av en peer-reviewed vitenskapelig tidsskrift.

Publisert denne uken i Journal of Molecular Biology, en serie intuitivt utviklede regler for hvor vanskelig en bestemt form vil være å oppnå gjennom RNA-design. De fant for eksempel at jo mer symmetrisk en form er, jo vanskeligere vil det være å designe en RNA-streng for å matche den.

Samlingen av videospillere gjorde oppdagelsen ved å spille, Eterna, et spill som utfordrer spillerne til å ta tråder av RNA og brette dem inn i ønsket form ved å endre sin kjemiske sminke. Det vitenskapelige problemet med å legge RNA i en bestemt form er kompleks, men spillet er ikke - ingen forståelse av biokjemi er nødvendig for å begynne å spille.

Spillerne tok opp forskningsspørsmålet på eget initiativ, som en måte å gi nyere spillere verktøy for å bedømme den relative vanskeligheten til forskjellige puslespill. Funnene vil bidra til å veilede fremtidig biomedisinsk undersøkelse, siden det nye settet av regler gir forskere en bedre følelse av om ikke å forsøke å kaste RNA i en gitt form, er det en ufrivillig øvelse.

"Denne undersøkelsen antyder at standardparadigmet for vitenskapelig publikum kan bli vendt," forteller Rhiju Das, professor i biokjemi ved Stanford, Omvendt i en e-post. Eterna ble lansert i 2011 av Das og Adrien Treuille, en assisterende professor i datavitenskap ved Carnegie Mellon University. “ Eterna Spillerne kan utarbeide sine egne forskningsspørsmål og kan skrive opp egne papirer. I denne undersøkelsen var det lite veiledning og uavhengig testing fra eksperter i laboratoriet mitt."

Syntetisert RNA har et utrolig potensial for en ny generasjon medikamenter og medisinske terapier. Hvis den kan brettes i riktig form, kan RNA bygges for å målrette mot bestemte virus, kreft og til og med genetiske lidelser. CRISPR, en genredigeringsprosess som kan dramatisk endre fremtiden for menneskelig eksistens, bruker RNA til å lede det DNA-kutte enzym, Cas9, til den uønskede delen av DNA.

Eterna startet som et forum for sakkyndige forskere å presentere puslespill til spillerne, men det er siden vokst utover det. Spillet og dets 100.000 registrerte spillere eksisterer nå i et symbiotisk og utviklende forhold med profesjonelle forskere og datamodeller bygget for å designe og teste RNA-strukturen.

"Computer modellering og Eterna er ikke eksklusive, sier Das. “ Eterna bringer sammen mange mennesker, hvorav noen skriver egne datamodeller."

I dagens papir skrev spillerne sammen skript for å teste deres ideer for hva som gjør RNA-strukturer vanskelig å designe. Das sier at noen spillere fortalte ham at de er spesielt glade for å automatisere sine ideer til datamodeller fordi de vil fortsette og løse vanskeligere problemer.

Problemer bygget av Eterna spillerne fortsetter å bli syntetisert i Das 'lab - så langt har 86 459 spiller-genererte sekvenser blitt bygget iRL.

Forfatterens forfattere var Eterna spillere Jeff Anderson-Lee, Eli Fisker, Vineet Kosaraju og Michelle Wu. Wu er også en Ph.D. student i biomedisinsk informatikk ved Stanford.

I fremtiden kan det være at borgereksperter begynner å publisere vitenskapelige funn helt uavhengig.

"Denne" flippede crowdsourcing "-malen for borgervitenskap kan være nyttig for andre prosjekter og vitenskapsområder, som astronomi (Galaxy Zoo) eller publikumssorterte arter identifikasjon (Barcode of Life), Sier Das. "Spesielt hvis de liker Eterna, ser flaskehalser på scenen for papirskriving."